2020年以来，各级渔业行政主管部门贯彻落实十部门联合印发的《关于加快推进水产养殖业绿色发展的若干意见》，推动水产养殖从量的增长到质的提升，产业绿色发展取得显著成效。
科学规划促进可持续发展，依法确权保障渔民权益。养殖水域滩涂规划制度和养殖证制度是水产养殖业发展的基本制度，2020年年初，农业农村部印发通知，指导各地全面推进养殖水域滩涂规划编制发布和养殖证核发工作。目前全国已有6个省级、257个地市级和1544个县级人民政府颁布实施本级养殖水域滩涂规划，核发《水域滩涂养殖证》13万本，确权登记水域、滩涂面积约441.5万公顷，为稳定渔业基本养殖水域发展空间、保障养殖渔民合法权益、促进水产养殖业绿色发展奠定了坚实基础。
生态健康养殖全面推进，转型升级步伐加快。启动实施水产绿色养殖“五大行动”，因地制宜大力推广工厂化和池塘循环水养殖、海水立体养殖、大水面生态增养殖等健康养殖技术。拓展养殖生产空间，支持发展深远海养殖、稻渔综合种养、盐碱水生态养殖。持续开展全国水产健康养殖示范创建活动，全年共创建国家级水产健康养殖示范场 1009家、渔业健康养殖示范县12个，打造一批水产养殖绿色发展典范。
现代水产种业不断壮大，产业基础更加稳固。发布新中国成立以来首个《中国水产种业发展报告（1949－2019）》，从管理体制、制度建设、科研学术、推广应用、产业发展等方面全景式展示70年来水产种业发展成效。壮大水产种业体系，创建国家级水产原良种场86家。推动新品种选育，依法审定新品种达229个。组织相关水产科研院校和育种企业开展南美白对虾联合育种，促进政产学研用一体发展。
水生动物防疫持续强化，疫病防控能力不断提高。水产苗种产地检疫制度首次在全国范围全面实施，各地已确认渔业官方兽医7766人，设置检疫申报点1304个，全年出具电子《动物检疫合格证明》4861份，检疫水产苗种433亿尾。开展重大水生动物疫病监测预警，发布《2020中国水生动物卫生状况报告》和《2020我国水生动物重要疫病状况分析》，组织开展鲑鳟鱼等寄生虫监测和重大疫病风险评估，提升重大水生动物疫病防控和应急处置能力。完善“全国水生动物疾病远程辅助诊断服务网”，不断提升水产养殖病害防治服务水平。